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El 30 de julio de 1901 arriba al pueblo de San Germán el Rvdo. James Gruer Woods, misionero de la Iglesia Presbiteriana en los Estados Unidos de América. El 4 de agosto de ese mismo año celebra el primer culto en la casa # 72 en la calle Luna esquina Cruz (frente a la Logia "Luz de Las Lomas", lugar ocupado hoy día por el edificio en donde hasta hace poco estuvo la mueblería "Tu Subasta". Luego inicia una serie de cultos de "avivamiento" con la ayuda de los Srs. José M. Jarvis y Luis Sánchez Alarcón, ancianos gobernantes de la Iglesia Presbiteriana de Mayaguez. Estos cultos llegan a sumar hasta seis por semana.

En la noche del domingo 29 de marzo de 1903 queda oficialmente organizada la congregación de la Iglesia Presbiteriana de San Germán comenzando con 12 miembros comulgantes: 5 hombres, 4 mujeres y 3 señoritas. Al siguiente domingo es ordenado anciano gobernante el Sr. Lorenzo Hurtado. El total de miembros recibidos en 1903 fue de 31; 21 hombres, 6 mujeres y 4 señoritas.
En septiembre de 1903 se comienza la obra de extensión en Lajas, Cabo Rojo y Barrio Ancones. En noviembre se comienzan los cultos en 7 sectores: San Sebastián, Santa Rosa, San Tomás, San Juan, La Caridad, Manila y Trujillo.
El domingo 29 de noviembre
de 1903, son ordenados los dos primeros diáconos electos
por la congregación: los Srs. Pablo Font y Celso Calderón.
El 31 de diciembre (jueves) se celebra el primer culto de despedida
de año en la plaza pública.
Durante los años 1907-13 fue pastor de la Iglesia
el Rvdo. John W. Harris, quien, durante su incumbencia (año
1912), funda el Instituto Politécnico de San Germán,
hoy conocido como Universidad Interamericana. En 1907 se construye
el templo de la iglesia que sería conocido como "el
Culto" y también como "el castillito". Los
materiales utilizados para la edificación fueron, entre
otros, el bloque ornamental de cemento, piedra, madera y tejas
de láminas de pizarra gris. El bloque ornamental usado
era uno de uso común entonces y se puede ver hoy todavía
en muchos edificios de San Germán edificados para esa misma
época sobre todo en la Calle Luna entre el Correo y la
Plaza de Mercado vieja, zona ésta que para principios del
siglo 20 era el área de expansión del pueblo. El
techo del edifico estaba formado por un armazón de madera
forrado con tablas y sobre éstas, tejas de pizarra gris.
Puertas y ventanas eran de madera con celosías. Los bancos,
de madera también, se conservan todavía en la iglesia
actual.
El primer viernes de junio de 1942 se celebra por primera vez el Día del Pastor, bajo el pastorado del Rvdo. Luis Angel Toro.


Antigua Iglesia Presbiteriana de San Germán (1907-1972) en la Calle Luna. Fotografía tomada de una postal de 1951 (Foto Toro) - Cortesía del Sr. Ramón González.
Bajo el pastorado del Rvdo. Luis Angel Rivera, el 9 de abril de 1967 el ingeniero Carlos Rodríguez Incles rinde un informe que le fuera pedido por el Consistorio respecto al estado del templo, el cual recomienda su demolición debido al estado de deterioro y al alto costo de reparación. A pesar de que se buscó ayuda para poder conservar esta edificación no hubo respuestas afirmativas por lo que el templo fue demolido en febrero de 1972. Tras la demolición se construyó uno nuevo edificio de una sola planta dividida en templo, oficina pastoral, salón de actividades, cafetería y servicios sanitarios.

En el año 1975 la Primera Iglesia Presbiteriana de San Germán se declara en sostenimiento propio, lo cual significa que se hace cargo del financiamiento de todo su programa. Ese mismo año se pudo ayudar económicamente a los hermanos perjudicados por la inundación del huracán Eloísa.
En el año de 1977 surge, de la Primera Iglesia Presbiteriana, la Iglesia Presbiteriana Unida de Porta Coeli, usando como templo la anterior casa pastoral que resultara inundada por Eloísa.
En el año de 1979 y como una iniciativa de las Sras. Livia G. Avilés, Ana Inés Braulio e Hilda Rodríguez de Carlson se funda la Academia Presbiteriana de San Germán. Esta Academia, que comenzó con los grados de pre-kinder a tercero, hoy cuenta con grupos hasta noveno grado. Al comenzar a funcionar la escuela, se construyen sobre el edificio 3 salones de clases. En marzo de 1990 se inaugura un nuevo piso en el edificio existente, para las nuevas facilidades de la Iglesia y Academia. Este piso cuenta con 3 salones de clase y una cocina que se pueden convertir en un gran salón de actividades, además de una oficina para la directora. Esta obra fue realizada por el Sr. Marcelino Rodríguez (Don Nino).
Durante los meses de junio y julio de 1996 se amplían los salones de kinder y primer grado y en el tercer salón de este piso intermedio se crea la biblioteca. Esta ampliación fue posible gracias a un donativo del senado de PR y la construcción estuvo a cargo del Sr. Luis del Toro. También fue el Sr. Luis del Toro quien durante junio y julio de 1997 construyó los 3 salones del nivel intermedio gracias en parte a una aportación que hiciera la Sra. Sarah Ramos.
El 31 de marzo 2001 se inaugura el edificio Sur con 2 salones de clases y la oficina de administración. Esta reciente obra, también realizada por el Sr. Del Toro, fue en parte posible gracias a aportaciones que hiciera la Sra. Sarah Ramos y la Sra. Leonor Flores, Directora del nivel elemental.
El 29 de marzo de 2003, con un servicio especial de aniversario, la Primera Iglesia Presbiteriana de San Germán cerró con broche de oro la serie de actividades llevadas a cabo con motivo de cumplirse los primeros 100 años de su presencia activa en la Ciudad de las Lomas.
| Rev. James Gruer Woods | 1903-1904 |
| Rev. Caldwell | 1905-1906 |
| Rev. John. W. Harris | 1907-1913 |
| Rev. Carlos Zapata | 1914-1915 |
| Rev. A. James | 1916-1918 |
| Rev. E. Rivera Vives | 1919-1923 |
| Rev. L. Nieves | 1924-1926 |
| Rev. L. Maldonado | 1927-1939 |
| Rev. J. Vélez | 1940 |
| Rev. Luis Angel Toro | 1941-1943 |
| Rev. E. Seda | 1944-1961 |
| Rev. Pablo Casasús | 1962 |
| Rev. Almodóvar | 1963-1965 |
| Rev. Angel L. Rivera | 1968-1981 |
| Rev. Franklin Montalvo | 1982-1987 |
| Rev. Héctor Nieves | 1987-1991 |
| Revda. Betty González Cruz | 1992-2000 |
| Rvda. Elba Irizarry | 2002- |