Sailor Moon R es la segunda parte de esta historia. No se sabe muy bien por qué esa "R" pero se supone que es de Romance, ya que en esta historia se establecen lazos amorosos entre Serena y su amado Darien. Esta parte se divide a su vez en 2 subpartes, del capítulo 47 al 59 la lucha contra Alan y Ann y del 60 al 88 la lucha contra la familia de la Luna de las Tinieblas.

Una vez vencido el Reino Oscuro las Sailors habían perdido ya todos sus recuerdos pero el mal renacía. Un meteorito cayo en la ciudad Nº 10 (así le dicen a Tokyo, no se por que) en el cual venían dos extraterrestres, Alan y Ann (en Japón Earl y Anne). Estos extraterrestres llegaron a la Tierra con el propósito de adueñarse de la energía de las personas para poder seguir viviendo. Buscaban un planeta cuya energía sea compatible con el árbol del mundo de la oscuridad el cual estaba muriendo y era su creador, por lo tanto lo que tenían que hacer era darle la energía al árbol para que este les devuelva energía a ellos para vivir. Así comenzaron los ataques pero el problema era que no había Sailors Scouts para proteger al mundo, es así como Luna le devuelve sus recuerdos a Serena, la Princesa de la Luna y Sailor Moon también. Una vez con los recuerdos la vida de chica normal que Serena siempre había deseado había acabado en un momento.
Serena creía poder proteger sola al mundo, sin necesidad de devolver la memoria a las demás Scouts, pero ante los poderosos demonios (naipes) que enviaban Alan y Ann en un momento Serena había quedado atrapada, entonces Luna, si tener otra alternativa, devuelve la identidad a las 4 Sailors Scouts restantes. Serena estaba muy mal porque Darien no había recuperado la memoria y por lo tanto no eran novios.
Alan y Ann asistían a la escuela bajo la identidad de Melisa y Steven. Melisa se enamoró de Darien y Steven de Serena, así comienza una lucha entre Serena y Melisa por el amor de Darien.
Mientras continuaban las luchas un nuevo aliado apareció, El Caballero de la Luna, que tirando rosas blancas al estilo "Tuxedo Mask" acostumbraba a salvar a Serena en sus momentos difíciles. Al principio Serena creyó que era Darien, ya que su imagen y su voz eran iguales, pero en un capítulo se encontraron Darien y El Caballero de la Luna lo cual le quitó la duda a Serena. Pero ¿quién era este misterioso personaje? Más tarde al final de la primera subparte se descubrirá.
Llegó un momento en que el árbol de la oscuridad no absorbía más la energía y temían que estuviese muriendo entonces una vez cuando Serena fue a casa de Ann (Melisa), la curiosa quiso ver que había en una puerta y cuando entró la agarró en árbol de la oscuridad que absorbiendo un poco de su energía nació un nuevo brote. Melisa se dio cuenta que la energía de Serena podía salvar al árbol y por consiguiente a ellos también. Entonces al otro día Serena encontró a Darien que iba para el departamento de Melisa a llevarle flores porque había faltado a la escuela, entonces la celosa de Serena fue con Darien. Alan (Steven) se llevó a Darien al balcón para que Melisa lleve a Serena al cuarto del árbol y salve al árbol. Cuando Serena entra en árbol toma su energía y provoca una reacción de odio haciéndose más grande y destruyendo el edificio. Serena queda atrapada y Darien tratando de salvarla también.
Entonces tratan de tomarse la mano sin poder lograrlo, Alan trata de salvar a Serena y Ann a Darien, es así como el árbol los suelta, Serena se convierte en Sailor Moon y revela su identidad ante Alan y Ann quienes no pueden creer lo que ven. Alan y Ann se proponen matar a Sailor Moon quien revela su amor por Darien entonces Alan lanza un golpe a Darien quien es protegido por Serena y Melisa contra Serena quien es protegida por Darien es así como logran comprender los sentimientos humanos, principalmente el amor. El árbol con sus raíces mata a Ann y Alan que por fin había comprendido el significado del amor la retiene en sus brazos. Es allí cuando el árbol cuenta la historia de que ellos vivían con él y ellos habían nacido de él pero lo que siempre el árbol quiso era que Alan y Ann comprendieran el significado del amor. Entonces el árbol le pide a Sailor Moon que con el poder del Cristal de Plata lo purifique y lo hace. El árbol se vuelve un nuevo brote y Ann revive. Ahora Alan y Ann no necesitan robar más energía porque pueden vivir con la energía de su amor. Es así como se marchan volando hacia otro planeta para seguir viviendo. Mientras pasaba todo esto llegó el momento de que el caballero de la Luna revele su identidad, él representaba los recuerdos que Darien olvidó cuando murió por Serena cuando lucho contra Beryl pero ahora Darien y sus recuerdos se vuelven uno solo. Y esta primer parte termina que Darien y Serena están juntos nuevamente para vivir su amor.

 

Ya otro día Darien y Serena estaban de paseo en bote y cuando llegan al muelle cae del cielo una chica con cabello rosado que se peinaba igual que Serena y además decía llamarse Serena. Era Chibi-Usa, más conocida como Rini.
Esta niña había sido enviada del futuro, al siglo XX para conseguir el Cristal de Plata para salvar a su madre que hasta el momento no se sabía ni quien era ni que le había pasado. Los nuevo villanos conspiran ahora contra la tranquilidad de Tokyo provenían del futuro, de la ciudad de Tokyo de Cristal en el siglo XXX, era la familia de la Luna de las tinieblas (Black Moon). Estaba conformada por el Príncipe Diamante, su hno. Safiro, y los ayudantes Esmeralda y Rubeus. Además de ellos había un personaje muy misterioso que nadie sabía quien era, se hacía llamar el adivino que de él luego hablaremos. Rubeus contaba con las 4 hermanas de la persecución. Había comenzado un nueva batalla. La familia Black Moon buscaba al conejo, como ellos le llamaban, es decir a Rini. Pero mientras la encontraban debían apropiarse de los puntos claves que en futuro serían de Tokyo de Cristal.
Rini se hospedaba en la casa de Serena asique Serena cuidaba de ella. Rini trajo con ella a Luna Pelota, una pelota con cara de gata igual a Luna que se transformaba en lo que ella quería, de esa forma engaña a la familia de Serena haciéndoles creer que ella es una prima. En varios momentos Rini entraba en depresión y quería regresar a su casa tratando de utilizar la llave del tiempo que por cierto no daba resultado pero luego se ponía a llorar y le aparecía la marca de la Luna, como la de Serena, lo que hacia pensar ya que tenía algún vínculo con Serena. Las Sailors Scouts y Sailor Moon lograron derrotar a las 4 hermanas de la persecución convirtiéndolas en personas normales. Cuando Rubeus quedó solo el adivino le dijo que tenía 2 caminos, uno al triunfo y otro a la muerte. En un capitulo Rubeus logró capturar a Las Scouts por culpa de Rini, entonces Sailor Moon fue con Rini rescate a la nave de Rubeus en el espacio. Comienza la lucha entre Rubeus y Sailor Moon y mientras Rubeus vencía a Sailor Moon, Rini trató de liberar a las Scouts sin conseguirlo. Entonces Rini encontró la fuente de poder de Rubeus, un poste que estaba por ahí, entonces lo sacó y la barrera que protegía a las Scouts había sido liberada, entonces Serena con su báculo vence al Rubeus, quien les advirtió que la nave explotaría en un minuto con ellas adentro. Las Sailors habían quedado atrapadas en la nave y la única forma de salir era con la tele-transportación pero el problema era Rini. De todas formas la tele-transportación funcionó ya que Rini utilizó también su energía. Llegar a la Tierra era un alivio, por el momento pero Esmeralda ya estaba preparada.
Esmeralda trataba de transmitir la energía del futuro hacia el siglo XX para destruir la ciudad de Tokyo, así colocaba en el suelo unos pendientes que se hacían mas grandes con la energía pero siempre eran vencidos por las Sailors Scouts. Rini al saber que Serena era Sailor Moon y que tenía en su poder el Cristal de Plata van hacia el futuro: Rini, Tuxedo Mask, Sailor Moon y las Scouts, para salvar a su mamá. Mientras pasan al futuro se encuentran con Sailor Pluto (Setsuna Meiou) quien es la guardiana de la puerta del tiempo. Ella no podía salir de ahí ya que estaba condenada a la soledad, cuenta Luna. Una vez que llegan al futuro el espíritu del Rey Endymion los recibe, SI!!, era Darien en el futuro y era el padre de Rini lo que significa que la madre era Serena en el futuro. Cuenta el Rey que en el Siglo XXX Tokyo es Tokyo de Cristal, una ciudad en forma de estrella, gobernada por la Neoreina Serena y el Rey Endymion. Pero esta ciudad es atacada por Black Moon proveniente del planeta Némesis, el cual había sido destruido. Lo que nadie sabía era que Rini quería ver el resplandor del Cristal de Plata y cuando lo agarró, desapareció. La Neoreina Serena al no tener como defenderse es recubierta con un cristal irrompible por las Sailors Scouts del futuro

Esmeralda es engañada por el adivino quien le da tanto poder que la destruye. Cuando Black Moon se entera de que Sailor Moon y las demás están en el siglo XXX no dudan en entrar en acción. El adivino rapta a Rini, le dice que nadie la quiere y le dice que el es el único en quien puede confiar, es así como la transforma en Black Lady, que es Rini con el poder oscuro en su interior, pero un poco crecidita!!! J . Bueno, entonces el adivino decide atacar el siglo XX para acabar con el futuro y convertir al mundo en tinieblas, entonces van al pasado. Sailor Pluto, la guardiana de la puerta del tiempo, les advierte a las Scouts que Rini había ido al pasado junto con Diamante y el adivino. Pero antes de esto, en el futuro, Safiro había visto y escuchado cual era el verdadero propósito del adivino, el era el fantasma de la muerte y quería convertir al mundo en tinieblas. Cuando Safiro trata de advertirle a Diamante sobre lo que pasaba el adivino lo mata. Diamante coloca un colgante y Black Lady lo llena de energía para que en poco tiempo se abra la puerta que comunique a Némesis con la Tierra para enviar el poder del cristal oscuro y destruir todo. Cuando todos se enteran de esto y comienzan a ver como crecía el cristal oscuro ese, Tuxedo Mask decide meterse en el cristal para buscar a Rini. Mas adelante Serena y las demás también entran en el cristal y logran devolver a Rini a su estado original. Pero la puerta había sido abierta y el fin estaba cerca, es así como Serena, con la imagen de la Neoreina Serena, toma el Cristal de Plata e intenta vencer al adivino sin poder lograrlo. Pero Rini, recuerda que dentro de ella estaba el Cristal de Plata del futuro, el cual ella lo había tocado pero había desaparecido. Recuerda esto cuando una lágrima se le cae y el Cristal reaparece ante ella. Entonces Serena con su Cristal y Rini con el del futuro logran vencer al fantasma de la muerte. Finalmente Rini regresa al futuro con su mamá, su papá y las Scouts del futuro.

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