在２０世紀末期，機械人的運用大大提高人類在各樣建設的 速度。巴比倫計劃亦因為機械人的關係才得以實行。巴比倫 計劃是將東京灣海面填平，來增加首都圈的用地面積。

一晚，自衛隊訓練用的機械人在訓練場中失控，加上帆場影 一在巴比倫計劃中心的「方舟」跳海自殺。令到第二小隊的 後藤隊長開始懷疑 HOS 的潛在危險，而命令遊馬著手調查 。

當一切查明後，結果令人非常震驚，首都圈內每一架裝有 HOS 系統的機械人當接收到低頻率的聲音後都會一齊失控 。所以第二小隊便要破壞低頻率的產生地–「方舟」。但 破壞「方舟」亦會令到巴比倫計劃無限期擱置。

正如後藤隊長所言：「怎樣選擇都沒有真正的勝利，可能 在帆場自殺時，勝負已定！」







在１９９９年東南亞，一次聯合國行動中，由於中央指揮 命令不准還擊，拓植行人所帶領的小隊被敵人殲滅。

２００２年–日本，當南雲隊長從巴比倫會議返回特車２ 組途中，親眼目睹橫濱大橋被炸毀。同一時間，一個自稱 《Defence Family》的組織承認這次爆炸事件。跟據調查 報告《Defence Family》是由拓植行人所領導；他是前警 隊成員、前 Labors 教官和南雲隊長的情人。所以第二小 隊一定要努力阻止拓植的復仇計劃。